Transform or extract the trajectories from the given object to a standardized format.
Trajectories are ordered by Id and observation time.
For estimated models; get the trajectories used for estimation, along with the cluster membership. This data can be used for plotting or post-hoc analysis.
trajectories(
object,
id = idVariable(object),
time = timeVariable(object),
response = responseVariable(object),
cluster = "Cluster",
...
)
# S4 method for class 'data.frame'
trajectories(
object,
id = idVariable(object),
time = timeVariable(object),
response = responseVariable(object),
cluster = "Cluster",
...
)
# S4 method for class 'matrix'
trajectories(
object,
id = idVariable(object),
time = timeVariable(object),
response = responseVariable(object),
cluster = "Cluster",
...
)
# S4 method for class 'call'
trajectories(object, ..., envir)
# S4 method for class 'lcModel'
trajectories(
object,
id = idVariable(object),
time = timeVariable(object),
response = responseVariable(object),
cluster = "Cluster",
...
)The data or model or extract the trajectories from.
The identifier variable name, see idVariable.
The time variable name, see timeVariable.
The response variable name, see responseVariable.
Experimental feature for data.frame input: a vector of cluster membership per id
Arguments passed to trajectoryAssignments for generating the Cluster column.
The environment used to evaluate the data object in (e.g., in case object is of type call).
A data.frame with columns matching the id, time, response and cluster name arguments.
The standardized data format is for method estimation by latrend, and for plotting functions.
The generic function removes unused factor levels in the Id column, and any trajectories which are only comprised of NAs in the response.
data(latrendData)
method <- lcMethodLMKM(Y ~ Time, id = "Id", time = "Time")
model <- latrend(method, latrendData)
trajectories(model)
#> Id Time Y Cluster
#> 1 1 0.0000000 -1.080492e+00 A
#> 2 1 0.2222222 -6.802415e-01 A
#> 3 1 0.4444444 -6.514837e-01 A
#> 4 1 0.6666667 -3.911540e-01 A
#> 5 1 0.8888889 -1.940788e-01 A
#> 6 1 1.1111111 -2.991783e-02 A
#> 7 1 1.3333333 9.158311e-02 A
#> 8 1 1.5555556 1.797706e-01 A
#> 9 1 1.7777778 3.951063e-01 A
#> 10 1 2.0000000 1.832502e-01 A
#> 11 2 0.0000000 -9.837238e-01 A
#> 12 2 0.2222222 -5.473079e-01 A
#> 13 2 0.4444444 -2.072449e-01 A
#> 14 2 0.6666667 -1.436001e-01 A
#> 15 2 0.8888889 9.662936e-02 A
#> 16 2 1.1111111 3.741209e-01 A
#> 17 2 1.3333333 5.583489e-01 A
#> 18 2 1.5555556 5.267654e-01 A
#> 19 2 1.7777778 4.646849e-01 A
#> 20 2 2.0000000 7.948924e-01 A
#> 21 3 0.0000000 -1.107182e+00 A
#> 22 3 0.2222222 -9.905167e-01 A
#> 23 3 0.4444444 -6.342835e-01 A
#> 24 3 0.6666667 -5.515270e-01 A
#> 25 3 0.8888889 -1.059173e-01 A
#> 26 3 1.1111111 1.715294e-01 A
#> 27 3 1.3333333 -1.975520e-02 A
#> 28 3 1.5555556 1.601880e-01 A
#> 29 3 1.7777778 2.286929e-01 A
#> 30 3 2.0000000 2.398571e-01 A
#> 31 4 0.0000000 -7.247443e-01 A
#> 32 4 0.2222222 -1.614159e-01 A
#> 33 4 0.4444444 -9.429476e-02 A
#> 34 4 0.6666667 2.872764e-01 A
#> 35 4 0.8888889 5.404596e-01 A
#> 36 4 1.1111111 6.132204e-01 A
#> 37 4 1.3333333 8.346134e-01 A
#> 38 4 1.5555556 8.157076e-01 A
#> 39 4 1.7777778 7.868733e-01 A
#> 40 4 2.0000000 9.101294e-01 A
#> 41 5 0.0000000 -9.445309e-01 A
#> 42 5 0.2222222 -4.356978e-01 A
#> 43 5 0.4444444 -3.661023e-01 A
#> 44 5 0.6666667 -6.981846e-02 A
#> 45 5 0.8888889 3.508655e-02 A
#> 46 5 1.1111111 -1.560706e-01 A
#> 47 5 1.3333333 9.878099e-02 A
#> 48 5 1.5555556 2.441337e-01 A
#> 49 5 1.7777778 3.218698e-01 A
#> 50 5 2.0000000 3.605647e-02 A
#> 51 6 0.0000000 -1.149971e+00 A
#> 52 6 0.2222222 -9.652510e-01 A
#> 53 6 0.4444444 -6.782703e-01 A
#> 54 6 0.6666667 -4.962241e-01 A
#> 55 6 0.8888889 -2.632388e-01 A
#> 56 6 1.1111111 7.109115e-02 A
#> 57 6 1.3333333 2.601961e-01 A
#> 58 6 1.5555556 1.037659e-01 A
#> 59 6 1.7777778 2.779068e-01 A
#> 60 6 2.0000000 4.572028e-01 A
#> 61 7 0.0000000 -8.990750e-01 A
#> 62 7 0.2222222 -3.162423e-01 A
#> 63 7 0.4444444 -1.267186e-01 A
#> 64 7 0.6666667 5.023628e-02 A
#> 65 7 0.8888889 1.936485e-01 A
#> 66 7 1.1111111 3.840635e-01 A
#> 67 7 1.3333333 4.089981e-01 A
#> 68 7 1.5555556 6.263455e-01 A
#> 69 7 1.7777778 7.560140e-01 A
#> 70 7 2.0000000 7.212783e-01 A
#> 71 8 0.0000000 -8.598270e-01 A
#> 72 8 0.2222222 -6.207953e-01 A
#> 73 8 0.4444444 -1.897843e-01 A
#> 74 8 0.6666667 1.058528e-01 A
#> 75 8 0.8888889 3.979398e-01 A
#> 76 8 1.1111111 2.925497e-01 A
#> 77 8 1.3333333 5.829132e-01 A
#> 78 8 1.5555556 6.523827e-01 A
#> 79 8 1.7777778 7.914801e-01 A
#> 80 8 2.0000000 6.728391e-01 A
#> 81 9 0.0000000 -8.629955e-01 A
#> 82 9 0.2222222 -6.285156e-01 A
#> 83 9 0.4444444 -2.916511e-01 A
#> 84 9 0.6666667 -4.170240e-02 A
#> 85 9 0.8888889 4.244783e-01 A
#> 86 9 1.1111111 5.894826e-01 A
#> 87 9 1.3333333 4.440597e-01 A
#> 88 9 1.5555556 4.327576e-01 A
#> 89 9 1.7777778 3.767190e-01 A
#> 90 9 2.0000000 6.228616e-01 A
#> 91 10 0.0000000 -1.200674e+00 A
#> 92 10 0.2222222 -5.439025e-01 A
#> 93 10 0.4444444 -5.811882e-01 A
#> 94 10 0.6666667 -2.412800e-01 A
#> 95 10 0.8888889 3.293666e-01 A
#> 96 10 1.1111111 -1.328653e-03 A
#> 97 10 1.3333333 2.620363e-01 A
#> 98 10 1.5555556 2.028012e-01 A
#> 99 10 1.7777778 3.909610e-01 A
#> 100 10 2.0000000 2.720679e-01 A
#> 101 11 0.0000000 -5.387353e-01 A
#> 102 11 0.2222222 -2.643987e-01 A
#> 103 11 0.4444444 -8.078835e-02 A
#> 104 11 0.6666667 2.714066e-01 A
#> 105 11 0.8888889 5.626728e-01 A
#> 106 11 1.1111111 7.766386e-01 A
#> 107 11 1.3333333 5.941937e-01 A
#> 108 11 1.5555556 7.812206e-01 A
#> 109 11 1.7777778 9.573348e-01 A
#> 110 11 2.0000000 7.256745e-01 A
#> 111 12 0.0000000 -1.135897e+00 A
#> 112 12 0.2222222 -6.583827e-01 A
#> 113 12 0.4444444 -3.827679e-01 A
#> 114 12 0.6666667 -4.205279e-02 A
#> 115 12 0.8888889 1.125608e-01 A
#> 116 12 1.1111111 3.363140e-01 A
#> 117 12 1.3333333 3.916509e-01 A
#> 118 12 1.5555556 5.525176e-01 A
#> 119 12 1.7777778 5.202166e-01 A
#> 120 12 2.0000000 6.780326e-01 A
#> 121 13 0.0000000 -1.260105e+00 A
#> 122 13 0.2222222 -8.481724e-01 A
#> 123 13 0.4444444 -6.960972e-01 A
#> 124 13 0.6666667 -3.566909e-01 A
#> 125 13 0.8888889 -1.916500e-01 A
#> 126 13 1.1111111 -2.042207e-01 A
#> 127 13 1.3333333 6.141094e-02 A
#> 128 13 1.5555556 2.659510e-01 A
#> 129 13 1.7777778 2.486595e-01 A
#> 130 13 2.0000000 1.879279e-01 A
#> 131 14 0.0000000 -1.783642e+00 A
#> 132 14 0.2222222 -1.249131e+00 A
#> 133 14 0.4444444 -1.099285e+00 A
#> 134 14 0.6666667 -9.330387e-01 A
#> 135 14 0.8888889 -5.438213e-01 A
#> 136 14 1.1111111 -6.446524e-01 A
#> 137 14 1.3333333 -4.365322e-01 A
#> 138 14 1.5555556 -2.773758e-01 A
#> 139 14 1.7777778 -3.235148e-01 A
#> 140 14 2.0000000 -4.321330e-01 A
#> 141 15 0.0000000 -7.043625e-01 A
#> 142 15 0.2222222 -3.024509e-01 A
#> 143 15 0.4444444 -1.566331e-03 A
#> 144 15 0.6666667 1.944902e-01 A
#> 145 15 0.8888889 5.305120e-01 A
#> 146 15 1.1111111 5.586155e-01 A
#> 147 15 1.3333333 6.221944e-01 A
#> 148 15 1.5555556 8.334759e-01 A
#> 149 15 1.7777778 6.075780e-01 A
#> 150 15 2.0000000 8.754605e-01 A
#> 151 16 0.0000000 -9.637840e-01 A
#> 152 16 0.2222222 -7.055013e-01 A
#> 153 16 0.4444444 -5.037680e-01 A
#> 154 16 0.6666667 -1.800992e-01 A
#> 155 16 0.8888889 2.263311e-01 A
#> 156 16 1.1111111 1.694383e-01 A
#> 157 16 1.3333333 1.435539e-01 A
#> 158 16 1.5555556 5.513790e-01 A
#> 159 16 1.7777778 4.739464e-01 A
#> 160 16 2.0000000 4.874058e-01 A
#> 161 17 0.0000000 -1.126393e+00 A
#> 162 17 0.2222222 -6.969631e-01 A
#> 163 17 0.4444444 -3.539397e-01 A
#> 164 17 0.6666667 -2.516744e-01 A
#> 165 17 0.8888889 -6.196773e-02 A
#> 166 17 1.1111111 2.604942e-01 A
#> 167 17 1.3333333 2.386981e-01 A
#> 168 17 1.5555556 3.205717e-01 A
#> 169 17 1.7777778 3.075906e-01 A
#> 170 17 2.0000000 4.543123e-01 A
#> 171 18 0.0000000 -8.162685e-01 A
#> 172 18 0.2222222 -3.322693e-01 A
#> 173 18 0.4444444 -7.647547e-02 A
#> 174 18 0.6666667 1.683667e-02 A
#> 175 18 0.8888889 3.295751e-01 A
#> 176 18 1.1111111 4.850401e-01 A
#> 177 18 1.3333333 5.460491e-01 A
#> 178 18 1.5555556 7.535891e-01 A
#> 179 18 1.7777778 3.779811e-01 A
#> 180 18 2.0000000 4.413298e-01 A
#> 181 19 0.0000000 -8.912856e-01 A
#> 182 19 0.2222222 -4.161494e-01 A
#> 183 19 0.4444444 6.755616e-03 A
#> 184 19 0.6666667 2.577855e-01 A
#> 185 19 0.8888889 3.410240e-01 A
#> 186 19 1.1111111 5.427533e-01 A
#> 187 19 1.3333333 5.635838e-01 A
#> 188 19 1.5555556 7.086477e-01 A
#> 189 19 1.7777778 7.435472e-01 A
#> 190 19 2.0000000 6.344865e-01 A
#> 191 20 0.0000000 -8.511591e-01 A
#> 192 20 0.2222222 -5.222303e-01 A
#> 193 20 0.4444444 -9.578424e-02 A
#> 194 20 0.6666667 -1.047966e-01 A
#> 195 20 0.8888889 -1.796624e-02 A
#> 196 20 1.1111111 4.253539e-01 A
#> 197 20 1.3333333 3.824626e-01 A
#> 198 20 1.5555556 4.965144e-01 A
#> 199 20 1.7777778 6.671359e-01 A
#> 200 20 2.0000000 4.973909e-01 A
#> 201 21 0.0000000 -7.584135e-01 A
#> 202 21 0.2222222 -2.797421e-01 A
#> 203 21 0.4444444 -1.223377e-01 A
#> 204 21 0.6666667 9.436062e-02 A
#> 205 21 0.8888889 2.022779e-01 A
#> 206 21 1.1111111 2.385694e-01 A
#> 207 21 1.3333333 2.993715e-01 A
#> 208 21 1.5555556 4.839809e-01 A
#> 209 21 1.7777778 7.242704e-01 A
#> 210 21 2.0000000 5.245418e-01 A
#> 211 22 0.0000000 -7.489218e-01 A
#> 212 22 0.2222222 -4.184928e-01 A
#> 213 22 0.4444444 -2.161782e-01 A
#> 214 22 0.6666667 -8.294123e-02 A
#> 215 22 0.8888889 5.195937e-01 A
#> 216 22 1.1111111 3.652302e-01 A
#> 217 22 1.3333333 4.938118e-01 A
#> 218 22 1.5555556 4.210046e-01 A
#> 219 22 1.7777778 6.124987e-01 A
#> 220 22 2.0000000 6.101237e-01 A
#> 221 23 0.0000000 -1.003182e+00 A
#> 222 23 0.2222222 -8.497474e-01 A
#> 223 23 0.4444444 -2.255166e-01 A
#> 224 23 0.6666667 -5.965912e-05 A
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